Di babak kedua, Tim Merah-Putih kembali langsung menggebrak, meski Shin Tae-yong memperkuat lini belakang dengan memasukkan Elkan Baggott.
Lima menit setelah peluit babak kedua dimulai, tepatnya menit ke-50, Timnas Indonesia kembali mengoyak gawang Malaysia, berawal dari asis Irfan Jaya, Pratama Arhan mengelola bola dengan baik, lalu melakukan shooting dari luar kotak penalti dengan kaki kiri, kiper Malaysia Khairul Fahmi Che Mat harus terbang tinggi untuk menghalau bola tendangan Pratama, tetapi gagal, skor 3-1 untuk keunggulan Indonesia.
Tensi permainan semakin tinggi, para pemain Malaysia mati-matian untuk mencetak gol, tapi tak kunjung terjadi, Timnas Indonesia pun tak kalah agresif, justru mampu menambah gol, pada menit ke-82, Baggott mencetak gol dengan sundulan setelah mendapat umpan dari Evan Dimas dari sepak pojok.
Tertinggal 1-4, para pemain Negeri Jiran makin kewalahan, dari pinggir lapangan tampak pelatih Tan Cheng Hoe pun panik hingga tambahan waktu 4 menit tak ada lagi gol yang tercipta, sehingga Indonesia menang 4-1.
